何はともあれ、Windows 7にアップグレードして以前の対策を試みました。
でも、ダメなようでした。
その他の問題として.NET Framework 4.0の更新に問題が出て、一旦.NET Framework 4.0のアンインストールをして再インストールをしようとしたら問題が出たり、Internet Explorer 9の再インストールも出来なくなる等、HDD内部データベースの損傷は深刻なようでした。
ちなみに.NET削除は以下のサイトを参考にしました。
.NET Frameworkのアンインストール方法 – MSDN Blogs
【注意!】.NET Frameworkの削除はWindowsの動作に深刻な影響を及ぼす可能性があるため、自己責任の上で慎重に行って下さい!
Microsoft公式の.NET修復ツールについて – 窓の杜

その後も8000FFFF、8E5E070Dエラーに悩まされ続けました。
Windows Update エラー 8000FFFF – マイクロソフト
Windows Update エラー (エラーコード 8E5E070D) – マイクロソフト コミュニティ
Windows 7用のシステム更新準備ツール – マイクロソフト

ここで個人的対策はギブアップ\(^o^)/。サポートセンターに連絡を取りました。

箇条書きにまとめると、
・Updateコンポーネントのリセット
・システム更新準備ツールの実行
・チェックディスクの実行(セクタ修復オプション付き)
・修復インストール
・初期化インストール
を勧められ、結局は最も避けたかった初期化インストールをすることに。

その前に、サードパーティ製チェックディスクツールの結果について、マスターファイルテーブル(MFT)の損傷が見られることを相談したところ、その損傷がWindows Updateや各種インストール問題に影響を及ぼすことは大いに考えられ、それらは初期化インストールによって解決するとのことでした。
MFTの修復を説明するサイトもありましたが、非常に危険な作業のようでしたので断念しました。

仕方ない、やるか…。
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