あとは初期化インストール作業のみ。
現状のバックアップを取り、メーカー付属のインストールディスク（これが初期トラブル対策の出来ないもので厄介でした）から初期化インストールしました。

その際に以下のツールを使用しました。Windowsアップグレードの際のアカウント移行ツール（ある程度の）だそうです。
・Windows 転送ツール – マイクロソフト
（FirefoxやThunderbirdなどいくつかのアプリケーションデータ（AppData\Roaming以下）はツールで移行出来ないらしく、バックアップから手動で移行しました）

Windows 7アップグレード後に上記ツールにてリストアすると、再インストールの必要なアプリケーション一覧が表示されるので、ある程度は復旧が楽でした。
欲を言えば、アプリケーションごと移行出来れば良いんですけどね、某タイムマシンみたいに…。

これでアップグレードは完了、Windows Updateも正常に行われるようになりました。

今回はクリティカルな知識が足りずに致命的な問題にまで発展しましたが、新情報の把握は常に必要ですね。
リテラシーに磨きをかけたいと思います。

非AFT→AFT→非AFTへの換装という非常に稀なケースですが、誰かの何かの参考になれば幸いです。

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